Im Dreißigjährigen Krieg wurde Appenweier Opfer schlimmster Verwüstungen, die in den folgenden Revolutionskriegen fortgesetzt wurden. 1632 wurde Appenweier von schwedischen Truppen niedergebrannt, 1689 folgten Brandschatzungen durch französische Truppen. Im Jahre 1750 wurde die dem heiligen Michael geweihte Kirche im alten Ortskern im Rokokostil neu errichtet. Appenweier gehörte bis 1805 zur Landvogtei Ortenau und kam dann durch den Reichsdeputationshauptschluss zum Großherzogtum Baden, wo es zum Amtsbezirk Kehl zählte, aus dem später der Landkreis Kehl wurde. Aufgrund der Kreisreform fiel der Ort 1973 an den Ortenaukreis. Das Großherzogtum Baden war von 1806 bis 1871 ein souveräner Staat, der bis 1813 Mitglied des Rheinbunds und von 1815 bis 1866 des Deutschen Bundes war. Ab 1871 war es nur noch teilautonomer Bundesstaat innerhalb des Deutschen Kaiserreiches.